システム的には「艦隊司令部施設」も「遊撃部隊 艦隊司令部」もどちらも重要な装備。
「艦隊司令部施設」を２つ入手してから「遊撃部隊 艦隊司令部」に切り替えるのが無難でしょう。

って書いてますよね

北海道作戦に対応する為、たった今やってみました。
…いや、案の定というか、艦隊司令部施設が（消滅して）遊撃艦隊司令部施設に変わるんですね…
コメントまで全部読んでなかったですが、できれは「入手クエスト:「遊撃部隊」艦隊司令部の創設」のところにでも書いておいてほしかったなー

…こんなこともあろうかと、大淀２ndを確保しておいて良かったぜ…

戻すというのは
遊撃部隊 艦隊司令部を
艦隊司令部施設に戻すということでしょうか？

現状その手段はないので、新しい大淀を入手して改装するというのが新たな入手手段になります。

艦隊司令部が１つしかないなら無理して作る必要は無いと思う、確かにイベントで遊撃部隊はほぼ必ず使うことになるけど退避させたら索敵値が足りずにルート逸れとかあり得るので、司令部を２つ手に入れてからでいいと思います

ですねー。。
現状だと新たに作るなら、大淀のサブを35まで上げるのが前提になると思います。

冬で出たから、今後も使うつもりだと解釈して書いた感じですね。
まあ、準備だけしておいて必要になったら任務達成がベターかなあやっぱり。