2017/01現在の通常海域最深部は6-4、EOを含めたら6-5ですが、その攻略のためには基地航空隊を展開する条件であるこのクエストをクリアしておきたいです。また、噴式航空機のツリーにも必要になるため、簡易的にまとめておきます。

必要であれば以下関連記事にとんでください。
基地航空隊を活用しよう
6-4 離島再攻略作戦
6-5 空母機動部隊迎撃戦

後続の任務ツリー関連
新兵装の噴式航空機を入手しよう 「橘花改」「噴式景雲改」クエストツリーまとめ

クエストツリー

※wiki掲載分を新たに書き出したものです。実際にクエスト進行をしてみて
間違い等あれば報告いただけましたら。
wikiも要検証が多く、一部は確認できましたが確定ではない部分がおおいです。

メインツリー

新編成航空戦隊、北方へ進出せよ!(前提1・2参照

「航空基地設営」事前準備

「陸攻」隊の増勢(要:水雷戦隊、南西諸島海域を哨戒せよ!(前提3・4参照))

中部海域「基地航空隊」展開!

メインの流れはこう。前提はかなり長いですが、前提のクエストがでていない場合は
辿ってみてください。

前提1(~新編成航空戦隊、北方へ進出せよ!)

はじめての「編成」!↓
「駆逐隊」を編成せよ!↓
「水雷戦隊」を編成せよ!↓
軽巡2隻を擁する隊を編成せよ!↓
「重巡戦隊」を編成せよ!↓
「妙高」型重巡姉妹の全4隻を編成せよ!

「第十六戦隊(第一次)」を編成せよ!

「第十六戦隊(第一次)」出撃せよ!

「第十六戦隊(第二次)」を編成せよ!

「第十六戦隊(第二次)」出撃せよ!

「新編成航空戦隊」を編成せよ!(要:「第五航空戦隊」珊瑚諸島沖に出撃せよ!)前提2へ

新編成航空戦隊、北方へ進出せよ!(前提クエスト)

 

これ全部解説書いてたら、埒があかないので割愛。
言われるとおりにやっていけばクリアできます。

前提2(~「第五航空戦隊」珊瑚諸島沖に出撃せよ!)

(前提1かぶり分略)
軽巡2隻を擁する隊を編成せよ!↓
「重巡戦隊」を編成せよ!↓
戦艦と重巡による主力艦隊を編成せよ!↓
「三川艦隊」を編成せよ↓
「第四戦隊」を編成せよ!↓
「西村艦隊」を編成せよ!

「第五航空戦隊」を編成せよ!(要:マンスリー「「空母機動部隊」西へ!」)

「第五航空戦隊」を再編成せよ!

「第五航空戦隊」珊瑚諸島沖に出撃せよ!(

新編成航空戦隊、北方へ進出せよ!(要:前提1ツリー・(前提クエスト)) 違う条件?

前提3(~水雷戦隊、南西諸島海域を哨戒せよ!)

(前提1と同一部分略)↓
「水雷戦隊」を編成せよ!↓
6隻編成の艦隊を編成せよ!

新編「水雷戦隊」を含む艦隊を再編成せよ!(+「水雷戦隊」バシー島沖緊急展開)前提4へ

水雷戦隊、南西諸島海域を哨戒せよ!(要:「演習」で練度向上!(デイリー))

前提4(~「水雷戦隊」バシー島沖緊急展開)

はじめての「出撃」!↓
鎮守府正面海域を護れ!↓
南西諸島沖に出撃せよ!↓
接近する「敵前衛艦隊」を迎撃せよ!↓
「水雷戦隊」で出撃せよ!(要:「水雷戦隊」を編成せよ!)

「水雷戦隊」バシー島沖緊急展開(

水雷戦隊、南西諸島海域を哨戒せよ!(要前提3)

“水雷戦隊、南西諸島海域を哨戒せよ!”まで長いツリーが二つ+デイリーの演習。
クエスト消化してない場合めんどくさいですがぼちぼち進めましょう。


メインツリークエスト解説(ざっくり)

「航空基地設営」事前準備

・「ドラム缶(輸送用)」を二つ廃棄
・7.7mm機銃/九六式艦戦を二つずつ準備(非ロック)

九六式陸攻を一つ入手できます。

「陸攻」隊の増勢

・7.7mm機銃/九九式艦爆二つずつ準備(非ロック)

もう一つ九六式陸攻を入手。
この後一式陸攻の調達系のクエストにつながっていきます。

中部海域「基地航空隊」展開!

・ドラム缶(輸送用)二つを破棄
・燃料1200およびボーキサイト3000
・設営隊一つを準備。

設営隊の入手は以下2記事で。
飛行場設営の準備を実施せよ! 6-3S勝利狙い編成例
夜間突入!敵陸上部隊を叩け! 5-3編成例(↑クエクリア後)

上のツリーもまた長いんですが、6-3の方にざっくり書いてあるのを参考に・・・。
ぶっちゃけめんどくさいので、このクエスト自体は課金で解決しても問題ありません。

※6-5をガチで運用しようと思うと防空用に設営隊を一つ購入したほうが楽になる。

※追記:コメントによると
【強襲上陸作戦用戦力を増強せよ!】までのツリーも必要?

まとめ

このクエスト関連をクリアしてるかどうかで、6-4,6-5の難易度が大きく変わってきます。
また、今後実装されていくであろう7海域や、他EO等でもクエストを前提としたものが
出ることが考えられ、溜まっていくとどんどん面倒になるため積極的にこなしたいですね。

余談ですがこういう任務関連のツリー記事ってあんまりないですね・・・
瑞鶴翔鶴のカタパルト関連はまとめる予定なんですが、
他に書いたほうがいいのってどんなのあるでしょうか(人任せ)

あと、今回は重要なクエストのため全部書き出しましたが、
どの辺までクエスト取り出したらいいかなーと。
「第十六戦隊(第一次)」を編成せよ!辺までが適切ですかね。